関ヶ原の戦いから35年、変わりゆく時代の中で、日本は徐々に平和を取り戻しつつあった。しかし、ある日、恐ろしい怪物たち「悪党の集団」が現れた。彼らは人間を襲い、その肉と血を吸いました。幕府は密かに討伐隊を派遣して犯人を殲滅し、真相を隠蔽するために関係地域を焼き払った。混沌とした多胡宿から遠く離れた場所で、元忍者のリン（木村文乃）は正体を隠し、血縁関係のない養女トキ（田持宙）と共に医師の源三郎（高橋克実）の助手として平穏な生活を送っていた。ある日、リンは病気を治す薬を手に入れるために村を訪れたが、そこは血と死体で覆われ、恐ろしい異星のモンスターの群れが襲来していた。この瞬間、彼女の悲しい過去が思い出された。我が娘のように大切なシーを守るため、リンは生死をかけた旅へと出発する。一方、人間の意識を残しつつも“半ギャング”となった男・士郎（田中樹）は、世間の憎悪に囚われていた。自分の出自が分からず悩んでいた彼は、その謎を解くため、ある人物を探す旅に出るのだった…。