香港で目を覚ましたシドニーは、過去2年間の記憶を失っていた。ロサンゼルスに戻り、人生の最後の2年間を思い出そうとするうちに、友人や家族の運命が明らかになる。ヴォーンはシドニーがとっくに死んだと思って結婚していた。マーシャルはCIAの技術専門家キャリー・ボウマンとの間に子供をもうけており、ディクソンはCIAロサンゼルス支局の新しい部長になっている。シドニーはジャックとスローンの衝撃的な運命も知る。ジャックは依然潜伏中のイリーナと通信したかどでCIAに拘束されており、スローンはCIAに協力する見返りにスイスで自宅軟禁されている。シドニーは記憶を取り戻す助けになるかもしれない事件についてCIAから一時的な捜査許可を与えられ、コヴナントと呼ばれる新たな敵対グループに遭遇する。