香港で目を覚ましたシドニーは、過去2年間の記憶を失っていた（！）。ロサンゼルスに戻り、過去2年間の出来事を思い出そうとするうちに、友人や家族の運命が明らかになる。ヴォーンはシドニーがとっくに死んでいたと思い込んで結婚していた。マーシャルはCIAの技術専門家キャリー・ボウマンとの間に子供をもうけていた。ディクソンはCIAのロサンゼルス支局の新しい部長になっていた。シドニーはジャックとスローンの衝撃的な運命も知る。ジャックは依然潜伏中のイリーナと連絡を取ったためCIAに拘束されており、スローンはCIAに協力する見返りに自宅軟禁状態でスイスに住んでいる。シドニーは記憶を取り戻すのに役立つかもしれない事件でCIAから一時的な許可を得、コヴナントと呼ばれる新たな敵対グループに遭遇する。