表面上は普通の大学の大学院生であるシャーリー（ジェニファー・ガーナー）は、実は長年、SD6と呼ばれる秘密諜報組織で働いていた。シャーリーはボーイフレンドと結婚する際に、自分の正体を明かすことを決意したが、ボーイフレンドが組織の警備員によって暗殺されるとは予想していなかった。怒ったシャーリーは「攻撃」を選択し、その後消滅した。危機に瀕したシャーリーは、父ジャック（ビクター・ガーバー）も自分と同じ秘密諜報員であり、SD6を裏で支援していたのは国家組織ではなく、強力な力を持つ反動分子であることを知る。シャーリーとSD6は、個人的にも仕事上でも和解しがたい確執を抱えている。彼女はSD6に戻ったが、このときシャーリーの正体はCIAに仕える二重スパイにアップグレードされていた。危険と試練の中、シャーリーの使命はただ1つ、SD6を完全に根絶することだった。