激動の明治維新を経て、日本は新たな時代を迎えた。明治政府十年、東京には不気味な空気が漂っていた。悪徳実業家・武田神柳（香川照之）は、女医・タカヘ（蒼井優）を操って新型アヘンを開発し、落ちぶれた戦士を公然と採用し、周辺の土地を大規模に買収していく。彼のオオカミの野望を実現するための秩序ある方法。そんな中、処刑人抜刀斎の名を借りて無実の人々を無差別に殺害した有働刃（吉川晃司）が、元新選組局長・斉藤一智（江口洋介）の目に留まり、自らも抜刀斎を強制的に殺害した。 anonymous for many years, to オリジナルキャラクター・緋村剣心（演：佐藤健）が登場。神谷道場に暮らすフェイチュンは、武井咲演じる神谷薫や周囲の人々の平穏な生活に徐々に溶け込んでいく。しかし、武田の思いはなかなか収まらない。優しい民を守るため、剣心は逆刃の刀を抜くことになる。